商丘市旅游局为市政府直属事业单位，下设4个职能科、3个二级机构。
办公室
综合协调机关行政事务工作；负责会议组织、秘书事务、信息综合、文电处理、信访、文书档案管理和机要保密工作。监督旅游行业法律、法规、规章执行情况；拟定全市旅游规范性文件；指导、承办行政复议、应诉工作；承担本系统普法工作；负责局机关财务、人事、机构编制工作；负责机关党务，精神文明建设、综合治理和群团工作。
市场开发科
研究拟定全市国际、国内旅游市场开发战略并组织实施；组织全市旅游整体形象的对外宣传和重大促销活动，指导各县（市）区的旅游业务和景区的国内外促销工作；负责日常外事联络工作；培育和完善全市国内旅游市场；指导全市旅游产品、纪念品的开发、生产和包装工作；策划、制作商丘旅游宣传品；负责旅游市场调研工作。
行业管理科
管理、指导全市经营国际国内业务的旅行社、旅游涉外星级饭店、旅游涉外车船公司及其他旅游定点单位；组织并参与全市旅游安全、事故的救护与处理；负责监督检查旅游市场秩序和旅游服务质量；负责全市中国公民自费出国旅游及赴香港、澳门特别行政区旅游和台湾地区旅游、特种旅游事务；管理旅游签证；负责处理旅游涉外事件；指导全市中国优秀旅游城市创建工作；拟定全市旅游行业设施标准和服务标准并组织实施；研究拟定旅游业教育培训规划、计划并监督实施；负责旅游行业精神文明建设。
规划建设科
负责拟定全市旅游发展规划；负责全市旅游资源调查和重要旅游资源开发规划的制定，并按照管理权限审批；负责全市旅游景区经营许可证的审核和景区的质量等级评定；协助市发展计划部门审核国家、省、市下达的旅游业发展资金的投资立项工作；负责旅游招商引资工作；负责国家、省、市下达的旅游业发展资金投资立项审核和国有资产、各项经费的管理工作；负责旅游统计工作；协助做好全市各景区管理人员培训计划的编制并帮助组织实施。
旅游协会
协会名称为商丘市旅游协会，英文名称为Shangqiu Tourism Assciation (缩写为STA)。是由商丘市旅游行政主管部门和企、事业单位为主体，与旅游业密切相关的部门以及对旅游业有研究的专家、学者自愿组成的非营利性社会团体，具有独立的社团法人资格。
其主要职能是围绕社会主义市场经济体制的建立和旅游业的发展，开展调查研究、协调咨询、对外联络等活动，为加强对旅游业的宏观调控和为旅游企业增强活力提供服务；同时，在政府旅游主管部门和旅游企业之间发挥桥梁与纽带作用，促进旅游业持续、健康地向前发展。
旅游监察支队
指导、督促、检查全市旅游企事业单位贯彻执行国家法律、法规情况，组织实施旅游法律、法规宣传教育和普及工作；督促、检查旅游企事业单位有关旅游者人身、财物安全以及责任保险制度；会同有关部门对旅游企事业单位进行开业前、开业过程中的安全设施检查、验收工作；受理旅游者的投诉，并会同有关部门妥善处理、参与涉及旅游者人身、财物安全的事故处理；会同有关部门查处违反国家法规和行业管理规定的行为，维护旅游市场健康有序的发展。
商丘市旅游质量监督管理所
维护旅游者和旅游经营者的合法权益；监督管理全市旅游服务质量；受理旅游投诉，查处旅游服务质量方面的案件，办理旅行社质量保证金赔偿事务。
旅游车辆管理办公室
成立于 2004年，现已发展车辆125部。保障全市旅游企业用车需求。
培训中心
做好全市各景区管理人员、讲解人员、县（市）、区旅游业执法人员的培训，指导旅游学校及职业高中、中专旅游教育培训工作；商丘市旅游网站的建设和维护。

商丘市旅游局主要职责
（一）贯彻执行国家、省有关旅游业的方针、政策和法律、法规；拟定全市旅游业发展的政策、规划并监督实施；制定全市旅游行业设施标准和服务标准并组织实施。
（二）研究拟定全市国际旅游市场开发战略，组织全市旅游整体形象的对外宣传和重大促销活动，组织实施全市旅游产品开发；研究并拟定全市国内旅游发展的战略措施，培育和完善全市国内旅游市场；指导各县（市）区旅游工作。
（三）协助市发展计划部门审核国家、省、市下达的旅游业发展资金的投资立项工作；指导、监督全市重点旅游区域的规划开发建设；负责全市旅游业利用外资和社会投资工作；负责全市旅游资源的调查和旅游统计工作。
（四）负责全市国际国内旅行社、旅游涉外星级饭店、旅游涉外车船公司、旅游定点单位以及其他经营旅游业务的企事业单位的审批、申报和管理工作；组织、参与全市旅游交通的协调及旅游安全、旅游保险和娱乐文化工作；负责监督、检查旅游市场秩序和旅游服务质量。
（五）负责全市中国公民出国旅游及赴香港、澳门特别行政区旅游和台湾地区旅游、特种旅游事务；负责本市旅游涉外事务，管理旅游签证；指导旅游行业精神文明建设。
（六）监督、检查全市旅游行业经营单位的财务工作。
（七）组织全市旅游行业教育培训和旅游从业人员岗位资格考试工作。
（八）承办市政府交办的其他事项。